A teenage boy must fight in an interplanetary war as the only available pilot to a revolutionary new giant battle robot.

هشت سال پس از جنگ یک ساله، اتحادیه زمین یک نیروی نخبه به نام تایتان‌ها را برای شکار باقی‌مانده‌های زئون ایجاد می‌کند. وقتی تایتان‌ها هیچ بهتر از زئون نباشند، گروه مخالف اتحاد زمین (AEUG) برای بازگرداندن صلح در فضا تشکیل می‌شود. این گاندام‌ها توسط پنج جوان خلبان رانده می‌شوند که امیدها و رویاهای آزادی ساکنان مستعمرات را با خود همراه دارند وقتی که به زمین فرود می‌آیند تا عملیات شهاب را شروع کنند.

سال 0079 در صده جهانی است. بشریت به فضا رفته، و در دسته های کلونی به نام "جناح ها" زندگی می کنند. یکی از این جناح ها خودش را قلمرو زئون می نامد و به فدراسیون زمین، دولتی که در حال حاضر زمین را اداره می کند اعلان جنگ می کند. با استفاده از ربات های شبه انسانی قدرتمندی به نام موبایل سوتس، زئون سریعا در موضع یرتر قرار می گیرد. 9 ماه از شروع جنگ، فدراسیون زمین لباس قدرتمند خودش به نام گاندام را ساخته است. زمانی که زئون به کلونی که گاندام را نگه داشته حمله می کند، شهروند 15 ساله ای به نام آمورو ری ناگهان خودش را وسط جنگی می بیند که او را به سراسر زمین و فضا می برد، و او را برابر خلبان نخبه دشمن چار آزنابل قرار می دهد.

پس از پیروزی قاطع بر تایتان ها، خدمه آرگاما از ائوگ (به همراه گروهی از بچه های تازه وارد)، فرصت چندانی برای جمع شدن ندارند چون خطر جدیدی در دوردست ها مشخص می شود: نئو زئون هامان!

هاتاوی نوا ، که هنوز تحت تعقیب اقدامات گذشته خود قرار دارد ، به یک سازمان تروریستی به نام مفتی می پیوندد و نام مستعار "مفتی نبی ارین" را تصویب می کند. مفتی در حال مبارزه با یک تروریسم علیه دولت فدراسیون زمین است.