«تری فلورس» (لوپز)، مستندساز جوان، مأمور ساختن فیلمی درباره ی قبیله ای از سرخ پوستان در آمازون می شود. در منطقه مرد غریبه ای که «پل سارون» (وویت) نام دارد، ادعا می کند قبیله ی مورد نظر را می شناسد و تری وگروه فیلم برداری را به آن جا خواهد برد. اما در عوض، گروه را به محل اختفای «آناکوندا» می برد؛ مار غول پیکری که آدم ها را درسته قورت می دهد...

A genetically created Anaconda, cut in half, regenerates itself into two aggressive giant snakes, due to the Blood Orchid.

یک تمساح عظیم الجثه و یک مار آناکوندا در نزدیکی یک شهر با هم درگیر می شوند. حالا کلانتر شهر باید راهی پیدا کند تا قبل از اینکه مردم شهرش توسط این دو هیولا از بین بروند، آنها را نابود کند

داستان فیلم از جایی شروع میشود که بعضی از افراد در کنار دریاچه ناپدید میشوند ...

در سری قبلی این فیلم تمساح ها کوچک بودند و انها بچه ها را میخورند اما در این سری  فیلم تمساح ها بزرگ شده اند و خیلی خطرناک و وارد اب های کنار شهر شده اند و مردم در حال تفریح در ان جا….

Black Lake is now a crocodile sanctuary, surrounded by an electric fence. When the fence is left open, a high-school bus unknowingly enters the park. It's up to Reba and the Sheriff to save the kids from becoming crocodile food.

«شان جونز» (فیلیپس) قرار است به کالیفرنیا پرواز کند و در آن جا در یک محاکمه ی پر سر و صدای جنایی، علیه «ادی کیم» گنگستر (لوسن) شهادت دهد. اما رفقای «ادی» صندوقی پر از مارهای خطرناک سمی در هواپیما پنهان کرده اند که با استفاده از یک مکانیسم زمان بندی شده، مدتی پس از حرکت هواپیما آزاد می شوند و …