زیر حملات دائمی فرشتگان،"نرو" دو خلبان جدید را معرفی می کند،"ماکینامی" اسرارآمیز و "آسوکا" قدرتمند.در همین حین "گندو ایکاری" و "سیل" پروژه ای مخفی را پیش می برند و...

چهارده سال از سومین برخورد نزدیک گذشته است.همه دنیا تغییر کرده به جز،"شینجی ایکاری" که در محیطی عجیب بهوش می آید."میساتو" گروهی را تشکیل داده که از "نرو" جدا شده است...

چهارمین و آخرین قسمت از بازسازی Evangelion. میساتو و گروه ضد عصبی وی " ویل" وارد پاریس می شوند ، شهری که اکنون از تشکیلات قرمز رنگ شده است...

این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود.

اوایل قرن 21 شهاب سنگی در قطب جنوب سقوط کرد وقتی دانشمندان برای تحقیق به محل حادثه اعزام شدند انفجار دیگری رخ داد که به “Second Impact” طبقه بندی شد. شینجی ایکاری پسری 14 ساله که برای دیدن پدرش به شهر Tokyo3 اومده شهری قلعه مانند که توسط مجودات غول پیکری به نام “Angels” به محاصره در اومده و...

در سال ۲۰۱۵ نیمی از جمعیت نژاد بشر مرده اند و بازماندگان با داوری وحشتناکی از طرف موجودات بزرگ و بسیار قدررتمندی بنام Angels روبرو هستند. Angels ها قرار بود که روح انسانهای مرده باشند. اما این تفکر اشتباه است و آنها در دنیایی از توازن و سعادت همیشگی زندگی نمیکنند بلکه آنها در دنیای ما زندگی میکنند...

یک کامیون که حامل تانکری است در حال عبور از بزرگراه مورد حمله هلیکوپتری ناشناس قرار می گیرد و تانکر آن منفجر میشود. غافل از اینکه داخل آن تانکر پر از نوعی ویروس بسیار مهلک بوده. حالا این ویروس در تمام سطح شهر پخش شده و جان افراد را تهدید می کند. دولت برای خرابکاری که عامل این فاجعه است جایزه ای تعیین می کند، و یک جایزه بگیر بنام «بیباپ» برای گرفتن آن دست به کار می شود...