گذشته کنشین به سراغش می آید و باعث خراب شدن رستوران "آکابکو" می شود، جایی که مکان مورد علاقه او برای غذا خوردن بود. در آنجا، او یادداشتی پیدا می کند که روی آن کلمه "Junchu" نوشته شده است...

در سال 1868، بعد از اتمام جنگ باکوماتسو، مردی به نام «کنشین همورا» که سابقا یک آدمکش بوده است، در حالی که در ژاپن سرگردان است، قسم میخورد به کسانی که نیاز به کمک داشته باشند یاری برساند…

ماکوتو شیشو با کشتی مجهزش به سمت حکومت میجی در حال حرکت هست و قصد دارد دوباره هر و مرج را به ژاپن بازگرداند. حال ، کنشین هیمورا به منظور متوقف ساختن شیشو ، برای یادگیری تکنیک نهایی نزد استاد قدیمیش می رود و...

“کنشین هیمورا” بر علیه شخصی شیطان صفت به نام “ماکوتو شیشیو” که قصد دارد دولت میجی را فلج کند، قیام می کند…

Rurouni Kenshin که در شمشیرزنی نابغه بود در دوران جوانی با دیدن کشتار مردم در انقلاب ژاپن تصمیم میگیره که برای کمک به پایان شورش ها وارد این نبردها بشه، کنشین با هنر رزمی خودش بسیاری از سرکرده های گروه ها رو میکشه اما نمیتونه از کشتارها و شورش ها کم کنه، تا این که شبی مردی بیگناه رو به قتل میرسونه و سر همین قضیه و انتقام گیری نامزد اون مرد دچار نفرین میشه و زخمی به شکل ضربدر بر روی صورت اون نقش می بنده که درمان پذیر نیست. بعد از اون ماجرا کنشین شمشیر خودش رو برعکس میکنه و با خودش عهد میکنه دیگه کسی رو نکشه، بعد از چند سال شورش تمام میشه در این دوران اتفاقاتی میافته که کنشین مجبور میشه دوباره وارد میدان های نبرد بشه، اما این بار به شیوه ای جدید یعنی …

در دوران خشونت‌آمیزی که با عنوان باکوماتسو شناخته می‌شد، یک قاتل ایشین که فقط با نام هیتوکیری باتوسای[۱] شناخته می‌شد، مهارت و خشونتش به مانند افسانه‌ای در عصر بازگرداندی شده بود که او نیز نقش بسزایی در پیروزی انقلابیون داشت. با نزدیک شدن به اتمام زمان جنگ، بدون اینکه هیچ رد پایی از خود به جای بگذارد ناپدید شد، و یازده سال بعد فقط به عنوان یک شمشیرزن سرگردان با نام «هیمورا کنشین» به پا خاست. او به مکان‌های مختلفی مهاجرت می‌کند تا به منظور جبران و کفاره‌ای برای کشتار و گناهانی که در گذشته مرتکب شده باشد و بتواند از مردم عادی محافظت کند...

"هومار شیشیو" که تصور می شد مرده است پس از 3 سال با "واکامیا جونیچی" دوباره متحد می شود تا ربودن دختر یک کارآفرین را بررسی کند. با این حال، کارآفرین بلافاصله می‌میرد، بنابراین این دو نفر به جزیره‌ای عجیب در دریای داخلی ستو می‌رسند، جایی که در میان یک افسانه ترسناک با اعضای خانواده و همکاران عجیب و غریب کارآفرین رو در رو می‌شوند...