لوگان بعد از جستجو برای یک زندگی معمولی، برای گرفتن انتقام قتل نامزدش، به برنامه سلاح ایکس تن میدهد و تبدیل به وولورین میشود.

قبل از اینکه «چارلز ژاویر» (جیمز مک‌آووی) و «اریک لنشر» (مایکل فسبندر) به نام‌های پروفسور ایکس و مغناطیس مشهور شوند، دو مرد جوان بودند که به قدرت‌های بخصوصشان پی می بردند. قبل از اینکه به دشمنان قسم خورده تبدیل شوند، آن‌ها بهترین دوستان یکدیگر بودند و به همراه دیگر جهش یافتگان در مقابل بزرگترین تهدید جهان صف آرایی کردند. و در همان زمان بود که اولین اختلافات در بین آن دو شکل گرفت...

یک دارو برای از بین بردن ژن ایکس ایجاد شده است. در میان انسان‌های جهش یافته دو گروه بوجود می آیند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.

مردان ایکس، ولوورین را به گذشته می فرستند تا از اتفاقی که منجر به نابودی انسان ها و جهش یافتگان در آینده می شود، جلوگیری کند...

مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.

 جنگ بزرگی بین ارتش کریپتونسول ها و مردا ایکس رخ می دهد که عامل این ها ، ظهور مردی از دل کویری در یکی از سیاره های دور از کهکشان راشیل است که با قدرت مهار نشدنی اش ، جنگی به پا می کند که به نبرد آخار الزمان معروف است و …

دو مرد با قدرت‌های خارق العاده به یک آکادمی خصوصی از هم نوعانشان می آیند. در واقع افراد این آکادمی تیمی از ابرقهرمان‌ها هستند که باید با یک تشکیلات تروریستی با قدرت‌های مشابه مقابله کند....

در سال 2024، تولد جهش یافته ها بسیار کم شده و کسی به طور قطع دلیلش را نمیداند. کاشف به عمل می آید یک عملیات به ظاهر دولتی در حال تبدیل بچه های جهش یافته به ماشین های کُشتار است. حال لوگن (هیو جکمن) که توانایی شفا بخشی اش آهسته شده، باید یک دختر جهش یافته از نوع ولورین را آموزش دهد تا جلوی این عملیات را بگیرد...

جین گری وقتی با یک نیروی کیهانی رمزآلود برخورد می‎کند در آستانه‎ی مرگ قرار می‎گیرد. این نیرو نه تنها او را بینهایت قوی‎تر ، بلکه ناپایدارتر می‎کند. با توجه به اینکه قدرت جین در حال خارج شدن از کنترل است ، گروه او باید یک راه برای اتحاد پیدا کنند تا نه تنها روح جین را نجات دهند ، بلکه از زمین در مقابل موجوداتی که به دنبال قدرت‎های جین و سلطه بر کهکشان هستند محافظت کنند و…

«پيتر پارکر» (مگواير) هنوز براي روزنامه ي «ديلي باگل» کار مي کند و هنوز آماده است تا در هيئت «اسپايدر من» به کمک مردم بشتابد. تا اين که يک توده ي سياه رنگ ماوراي زميني خود را به بدن او مي چسباند و «پيتر» را متوجه نيمه ي تاريک وجودش مي کند. به اين ترتيب يک «اسپايدر من» خشن و بي رحم پا به عرصه مي گذارد...

«پيتر پارکر» (مگواير) خود را از فعاليت هاي نجات بخش کنار کشيده و با زحمت درسش را در دانشگاه کلمبيا ادامه مي دهد و کما کان به عنوان عکاسي نيمه وقت براي روزنامه ي «ديلي با گل» کار مي کند. تا اين که ناچار مي شود براي مقابله با تهديدات دانشمند ديوانه اي به نام «دکتر اکتاويوس» (مولينا) وارد عمل شود...

«پیتر پارکر» به زندگی معمولی خودش ادامه می دهد تا اینکه یک کمپانی مرموز به نام «اوسکورپ» افرادی را با قدرت های خارق العاده برای مقابله با پیتر می فرستد...