Madoka Kanome دختری 14 ساله است او یک شب در خواب میبیند که یک دختر با موهای سیاه درحال مبارزه با یک هیولای ترسناک است. صبح همان روز زمانیکه Madoka به مدرسه رفت، دختری بنام Homura Akemi را میبیند که بتازگی به آن مدرسه منتقل شده است و بسیار شبیه به دختری است که او در خواب دیده بود. حتی عجیبتر آنکه بنظر میرسد Homura، Madoka را میشناسد و مدتی بعد در راهرو از او میپرسد که آیا او به دوستانش اهمیت میدهد یا نه. بعد از مدرسه زمانیکه Madoka با دوستش Sayaka Miki بیرون رفته بود، او صدایی را میشنود که از او کمک میخواهد. Madoka بدنبال آن صدا به اتاق عجیبی وارد میشود و در آنجا او با موجودی بنام Kyubey برخورد میکند که توسط Homura مورد حمله قرار میگیرد. هنگامیکه Homura پافشاری میکند که Madoka، Kyubey را به او بدهد، Sayaka به آنها کمک میکند که فرار کنند. سپس آنها در یک خیال عجیب گرفتار میشوند و موجوداتی بسیار عجیب به آنها نزدیک میشوند اما بعد آنها توسط دختری بنام Mami Tomoe نجات پیدا میکنند، او به یک دختر جادوگر تغییرشکل میدهد و با همه آن موجودات مبارزه میکنند و آن طلسم آن خیال را از بین میبرد. سپس او Kyubey را التیام میدهد و او به Sayaka و Madoka شانس تبدیل شدن به یک دختر جادوگر را میدهد.

آراگی دانش امور سال سومیه که تو تعطیلات از یک حمله خون آشامی جون سالم بدر می بره ولی این حمله موجب تغییراتی در اون میشه .یک روز وقتی در مدرسه داره از پله ها بالا میره دختری از کلاسشون رو که در حال سقوطه ، از افتادن نجات میده ولی با کمال تعجب متوجه میشه که دختره بدون وزنِ، اسم این دختر هیتاگی است و بخاطر برخورد با خرچنگی مرموز ، بی وزن شده دختر داستان ما که از فاش شدن رازش می ترسه ، آراگی رو تهدید می کنه که در صورت فاش کردن راز بی وزنیش ، دخلش اومده و...

جولای 1998: میکیا فوجینو آسگامی گیج را در یک کوچه خمیده پیدا می کند و متوجه می شود که از درد شکم خود رنج می برد. میکیا او را تا آپارتمانش همراهی می کند، جایی که او به خواب می رود. صبح روز بعد، میکیا متوجه می شود که فوجینو رفته است و در همان زمان، اخبار یک صحنه قتل در یک بار زیرزمینی متروکه را گزارش می دهد که ...