ناروتو و ساکورا در جهان موازی که توسط مادارا به آن وارد شده اند هستند، مادارا که نیتش به سرقت بردن جینچوریکی از ناروتو است..

قهرمان ما ناروتو در چاکرا ویژه ایی قرار گرفته که او را به گذشته میبرد. او خود را در شهر لران می یابد. همانطور که او با چیزهای عجیب و غریب مواجه می شود، آیا می تواند آینده را در زمان گذشته نجات دهد یا خیر؟

نینجاها با اصل و نسب های مختلف شروع به ناپدید شدن در تمام کشورها و سرزمین ها می شوند و همه مقصر اصلی را کشور آتش میپندارند. به دستور تسوناده، کاکاشی قربانی می شود تا از جنگ با دیگر کشورها جلوگیری کند. ناروتو از با کمک دوستان برای جلوگیری از مرگ او تلاش میکند...

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله میکنند ...

ناروتو و تیمش استخدام می شوند تا از یک بازیگر جوان در برابر سه جنگجوی سرکش در سرزمین برفی محافظت کنند.

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با ۹ دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند...

ناروتو رویای تبدیل شدن به بزرگترین نینجای منطقه را در سر خود می پروراند و برای این کار تلاش بی وقفه ای را پی میگیرد. این سریال داستان تبدیل شدن ناروتو به نینجای بزرگ را روایت میکند و مشکلاتی که وی در این را متحمل می شود...

ناروتو، شیکامارو و ساکورا در یک ماموریت برای تحویل یک حیوان خانگی گمشده به یک روستا هستند که یک شوالیه مرموز با آنها روبرو می شود...

داستان انیمه ادامه سری قبلی ناروتو میباشد و درباره پسر ناروتو و ماجراهایی که برای اون اتفاق میوفته.