هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد…....

ناروتو و ساکورا در جهان موازی که توسط مادارا به آن وارد شده اند هستند، مادارا که نیتش به سرقت بردن جینچوریکی از ناروتو است..

داستان انیمه ادامه سری قبلی ناروتو میباشد و درباره پسر ناروتو و ماجراهایی که برای اون اتفاق میوفته.

قهرمان ما ناروتو در چاکرا ویژه ایی قرار گرفته که او را به گذشته میبرد. او خود را در شهر لران می یابد. همانطور که او با چیزهای عجیب و غریب مواجه می شود، آیا می تواند آینده را در زمان گذشته نجات دهد یا خیر؟

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله میکنند ...

نینجاها با اصل و نسب های مختلف شروع به ناپدید شدن در تمام کشورها و سرزمین ها می شوند و همه مقصر اصلی را کشور آتش میپندارند. به دستور تسوناده، کاکاشی قربانی می شود تا از جنگ با دیگر کشورها جلوگیری کند. ناروتو از با کمک دوستان برای جلوگیری از مرگ او تلاش میکند...

ناروتو و تیمش استخدام می شوند تا از یک بازیگر جوان در برابر سه جنگجوی سرکش در سرزمین برفی محافظت کنند.

Depicts the day that Naruto Uzumaki became the 7th Hokage.

ناروتو، کاکاشی، ساکورا و راک لی مامور می شوند تا از میچیرو، شاهزاده سرزمین ماه، در حالی که او به سراسر جهان سفر می کند، محافظت کنند...

ناروتو، شیکامارو و ساکورا در یک ماموریت برای تحویل یک حیوان خانگی گمشده به یک روستا هستند که یک شوالیه مرموز با آنها روبرو می شود...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با ۹ دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند...